Prevalence and factors associated with extended-spectrum βlactamase producing Enterobacteriaceae bacteraemia in University Hospital of Befelatanana, Madagascar

Background: The extended-spectrum β-lactamase (ESBL) producing Enterobacteriaceae are a major cause of nosocomial bacteraemia. The objectives of this study are to describe the antibiotic resistance pattern of ESBL producing Enterobacteriaceae responsible for bacteraemia and identify factors associated with these infections in a University Hospital in Madagascar.Methodology: This is a descriptive cross-sectional study of 300 randomly selected patients with clinical features of bacteraemia whose blood cultures were processed for isolation and identification of bacterial pathogens over a period of six months (October 2019 to March 2020) at the laboratory of the University Hospital of Befelatanana. Blood culture samples were processed by conventional microbiological method for isolation of Enterobacteriaceae, which were identified to species level using Analytical Profile Index (API) 20E® test system. Antibiotic susceptibility of each isolate was performed by the disk diffusion technique and ESBL production was detected by the ‘synergy’ method.Results: Of the 300 patients, 54 were positive for bacteria, giving a prevalence rate of 18% for microbiologically documented bacteraemia. Of the 54 bacterial pathogens, Enterobacteriaceae isolates constituted 37 (68.5%), with 23 (42.6%) being ESBL producing and 14 (25.9%) non-ESBL producing isolates, 14 (25.9%) were staphylococci and 3 (5.6%) were streptococci isolates. All 23 (100%) ESBL producing Enterobacteriaceae isolates were resistant to amoxicillin, amoxicillin-clavulanic acid and the third generation cephalosporins (3GC), 19 (82.6%) to gentamycin and 18 (78.3%) to cotrimoxazole. On the other hand, the non-ESBL producing isolates were more sensitive because only 10 (71%) were resistant to amoxicillin, 7 (50%)to cotrimoxazole, 2 (14%) to amoxicillin-clavulanic acid, 1 (7.1%) to gentamycin, and none (0%) was resistant to 3GC. All 54 Enterobacteriaceae isolates were sensitive to amikacin and imipenem. Age less than 20 years (93.8%) (p=0.001) and hospitalization in intensive care units (90.9%) (p=0.04) were significant risk factors associated with infection by ESBL producing Enterobacteriaceae.Conclusion: ESBL producing Enterobacteriaceae responsible for bacteraemia in University Hospital of Befelatanana, Madagascar, are resistant to many classes of antibiotics. Carbapenems and amikacin are the antibiotics of choice. Keywords: ESBL, Enterobacteriaceae, bacteraemia, antibiotic resistance French Title: Prévalence et facteurs associés à la bactériémie à entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre étendu dans l'hôpital universitaire de Befelatanana, Madagascar Contexte: Les entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre étendu (BLSE) sont une cause majeurede bactériémie nosocomiale. Les objectifs de cette étude sont de décrire le profil de résistance aux antibiotiques des entérobactéries productrices de BLSE responsables de bactériémie et d'identifier les facteurs associés à ces infections dans un hôpital universitaire de Madagascar.Méthodologie: Il s'agit d'une étude transversale descriptive de 300 patients sélectionnés au hasard présentantdes caractéristiques cliniques de bactériémie dont les hémocultures ont été traitées pour l'isolement etl'identification des bactéries pathogènes sur une période de six mois (octobre 2019 à mars 2020) au laboratoiredu Hôpital universitaire de Befelatanana. Les échantillons d'hémoculture ont été traités par une méthodemicrobiologique conventionnelle pour l'isolement des entérobactéries, qui ont été identifiées au niveau del'espèce à l'aide du système de test Analytical Profile Index (API) 20E®. La sensibilité aux antibiotiques dechaque isolat a été réalisée par la technique de diffusion sur disque et la production de BLSE a été détectée parla méthode «synergie».Résultats: Sur les 300 patients, 54 étaient positifs pour les bactéries, ce qui donne un taux de prévalence de18% pour une bactériémie microbiologiquement documentée. Parmi les 54 bactéries pathogènes, les isolatsd'entérobactéries constituaient 37 (68,5%), 23 (42,6%) produisant des BLSE et 14 (25,9%) isolats neproduisant pas de BLSE, 14 (25,9%) étaient des staphylocoques et 3 (5,6%) l'étaient isolats de streptocoques.Les 23 isolats (100%) de BLSE produisant des Enterobacteriaceae étaient tous résistants à l'amoxicilline, àl'amoxicilline-acide clavulanique et aux céphalosporines de troisième génération (3GC), 19 (82,6%) à lagentamycine et 18 (78,3%) au cotrimoxazole. En revanche, les isolats non producteurs de BLSE étaient plussensibles car seuls 10 (71%) étaient résistants à l'amoxicilline, 7 (50%) au cotrimoxazole, 2 (14%) àl'amoxicilline-acide clavulanique, 1 (7,1%) à la gentamycine, et aucun (0%) n'était résistant à la 3GC. Les 54isolats d'Enterobacteriaceae étaient tous sensibles à l'amikacine et à l'imipénème. L'âge de moins de 20 ans(93,8%) (p=0,001) et l'hospitalisation en unité de soins intensifs (90,9%) (p=0,04) étaient des facteurs derisque importants associés à l'infection par les entérobactéries productrices de BLSE.Conclusion: Les entérobactéries productrices de BLSE responsables de bactériémie à l'hôpital universitaire deBefelatanana, Madagascar, sont résistantes à de nombreuses classes d'antibiotiques. Les carbapénèmes etl'amikacine sont les antibiotiques de choix. Mots clés: BLSE, entérobactéries, bactériémie, résistance aux antibiotiques

Le monoxyde d’azote: Une arme du système immunitaire pour brouiller les communications entre bactéries

Le dossier thématique suivant a été rédigé par les étudiantes et étudiants de Master 1 de Biologie de l’École Normale Supérieure de Lyon à l’issue de l’UE Microbiologie Moléculaire et Structurale (2019-2020). Le Master de Biologie de l’ENS de Lyon, cohabilité par l’université Claude Bernard Lyon 1, accueille chaque année environ 50 étudiants en M1 et en M2 et propose une formation de haut niveau à la recherche en biosciences. Chaque étudiant y construit son parcours à la carte, en choisissant ses options parmi un large panel de modules, favorisant ainsi une approche pluridisciplinaire des sciences du vivant, et ce en relation étroite avec les laboratoires de recherche du tissu local, national et international. En participant à diverses activités scientifiques connexes aux UE de leur formation, les étudiants préparent également l’obtention du Diplôme de l’ENS de Lyon, qui valide leur scolarité à l’ENS. La rédaction du présent dossier, qui vise à transmettre de façon claire les messages issus d’une sélection d’articles scientifiques publiés récemment dans le domaine de la microbiologie, constitue l’une de ces activités connexes proposées aux étudiants. Les bactéries peuvent vivre en communautés dont la structure est régulée par de nombreuses interactions abiotiques et biotiques. Les interactions biotiques reposent sur des communications inter-bactériennes qui participent à la mise en place de relations de collaboration, de compétition ou de prédation. Ces communautés bactériennes peuvent en outre être en interaction avec des hôtes animaux, dans le cas des bactéries du microbiote ou des bactéries pathogènes par exemple, ou avec des virus parasites, les bactériophages. Le présent dossier illustre quelques aspects nouveaux de cette communication bactérienne, et de la façon dont les interactions bactéries/hôte ou bactéries/phages peuvent impacter cette communication. Deux nouvelles s’attardent sur des découvertes récentes autour du quorum sensing, une modalité de communication bactérienne permettant l’expression coordonnée des gènes à l’échelle de la population, en fonction de la densité de la population. La nouvelle intitulée « Le monoxyde d’azote : une arme du système immunitaire pour brouiller les communications entre bactéries » illustre comment le quorum sensing chez Staphylococcus aureus, une bactérie opportuniste, peut être affecté par un médiateur du système immunitaire de la souris. La nouvelle intitulée « Un bactériophage exploite le système de communication de son hôte bactérien pour entrer en cycle lytique » montre une stratégie étonnante par laquelle le phage VP882 décrypte des signaux issus du quorum sensing de la bactérie qu’il infecte pour réguler son propre cycle de réplication. Au-delà du quorum sensing, deux nouvelles décrivent de nouvelles modalités de communication inter-bactérienne. La nouvelle intitulée « Les nanotubes bactériens, acteurs de la compétition entre Bacillus subtilis et Bacillus megaterium » met en lumière le rôle des nanotubes, des structures de communication intercellulaire insoupçonnées jusque récemment chez les bactéries. La nouvelle intitulée « La bactérie Vibrio cholerae lyse les bactéries environnantes et assimile leur ADN qu’elle intègre dans son propre génome » illustre comment un système de sécrétion, qui permet l’injection d’effecteurs bactériens dans des cellules cibles, peut être exploité pour faciliter les transferts horizontaux de gènes chez les bactéries. Enfin, pour élargir la réflexion au monde des virus eucaryotes, deux nouvelles montrent comment l’infection virale peut interférer avec la communication entre cellules eucaryotes, sur l’exemple de la communication s’effectuant par l’intermédiaire de vésicules extracellulaires. La nouvelle intitulée « La sécrétion de vésicules extracellulaires par les plaquettes activées à l’origine de la létalité de la dengue ? » discute des mécanismes par lesquels le virus de la dengue déclenche la sécrétion de vésicules extracellulaires par les plaquettes, et des conséquences que cela peut avoir sur l’inflammation et le déclenchement de chocs hémorragiques. La nouvelle intitulée « Le coccolithovirus et Emiliania huxleyi : le détournement viral des vésicules extracellulaires » montre enfin comment ce virus d’algue unicellulaire exploite la communication intercellulaire de son hôte pour augmenter son pouvoir de diffusion au sein de la population, et des conséquences écologiques et géochimiques que cela peut entraîner à grande échelle.

Cas confirmés de tuberculose au Brésil, dans la région Nord, dans l’État d’Amapá et dans la municipalité de Macapá, entre 2013 et 2017

La tuberculose (TB) est une maladie infectieuse causée par des bactéries pathogènes. Le bacille se transmet principalement par le mécanisme de la toux, en plus des éternuements et de la parole, qui sont responsables de la libération de gouttelettes de salive. Au Brésil, 69569 nouveaux cas de tuberculose ont été confirmés en 2017. Dans l’État brésilien d’Amapá, toujours en 2017, 237 nouveaux cas de tuberculose ont été signalés. L’objectif de ce travail est de comparer le pourcentage de cas confirmés de tuberculose au Brésil, dans la région Nord, dans l’État d’Amapá et dans la municipalité de Macapá, entre les années 2013 et 2017. Les données ont été collectées sur le site Internet de DATASUS. Les co-infections ainsi que l’alcoolisme, la consommation de drogues, les agglomérations urbaines et l’état nutritionnel de l’individu peuvent également représenter des facteurs d’augmentation des cas de tuberculose. La vulnérabilité sociale et la faiblesse des soins de santé primaires favorisent également une augmentation de ces chiffres. Disposer d’un centre de référence des maladies tropicales (CRDT), qui comprend également le centre de dépistage et de conseil (CTA) et l’assistance thérapeutique à domicile (ADT), aide à détecter les cas, à rationaliser et à contrôler le traitement des patients. Les hommes en âge de travailler sont plus touchés en raison de leur interaction sociale nécessaire au travail.

Sphingomonas paucimobilis: Un phénotype de multi-résistance inhabituel chez un probable pathogène émergent

Introduction: La multi-résistance aux antibiotiques devient un phénomène inquiétant chez des bactéries pathogènes et pathogènes émergentes. Objectif: L'objectif de ce travail était de décrire un phénotype de multi-résistance aux antibiotiques chez une souche de Sphingomonas paucimobilis. Patiente et méthodes: Une patiente de 55 ans a été reçue le 29 Novembre 2017 à l'Hôpital de l'Amitié Sino-Guinéenne (Kipé/Conakry) pour des examens cytobactériologiques des urines. L'identification bactérienne et l'antibiogramme ont été faites à l'automate Vitek2 compact 15 (Biomérieux, Marcy l'Etoile, France). Résultats : L'identification bactérienne a révélé la présence de Sphingomonas paucimobilis. Les antibiogrammes réalisés avec les cartes AST-N 233 et AST-XN05 ont montré une résistance à tous les antibiotiques testés avec des CMI élevées, à l'exception des tétracyclines et du chloramphénicol. Conclusion : Nos résultats montrent que la souche de Sphingomonas paucimobilis étudiée pourrait être considérée comme une bactérie pathogène émergente présentant un phénotype de multi-résistance à différentes familles d'antibiotiques.

La chimie du brome appliquée à la désinfection des eaux de piscines : étude bibliographique

Cet article présente une revue bibliographique sur la désinfection des eaux de piscines par le brome, sur les mécanismes de formation et le mode d'action du désinfectant, l'acide hypobromeux. L'examen des principaux sous-produits de bromation (bromamines, trihalométhanes, acides haloacétiques, haloacétonitriles, haloaldéhydes, bromate, nitrosamines, etc.) montre que certains de ces sous-produits sont présents dans l'eau de piscine à des concentrations de quelques µg∙L-1 à quelques dizaines de µg∙L-1. L'étude de leur toxicité aiguë et chronique confirme que ces composés doivent être surveillés (en particulier l'acide dibromoacétique et le bromate) pour assurer la sécurité des nageurs et du personnel technique. D'autre part, l'étude de l'efficacité biocide du brome comparé au chlore, vis-à-vis des bactéries pathogènes présentes dans l'eau de piscine, démontre que les espèces de bactéries Escherichia coli et Enterococcus faecalis sont plus sensibles au brome, à la différence de Pseudomonas aeruginosa qui présente une plus grande résistance. De plus, sur le plan médical, plusieurs cas de dermatites de contact irritantes sont rapportés lors de l'utilisation du brome, même si certaines études révèlent que les bromamines sont non irritantes, inodores et désinfectantes. Cependant, le brome présente une plus grande activité bactéricide que le chlore dans des eaux légèrement alcalines et relativement chaudes et peut être alors une alternative au chlore dans le traitement des piscines atypiques, même s'il demeure beaucoup plus onéreux que le chlore.