scholarly journals Substrate Specificity of the 3-Methylcrotonyl Coenzyme A (CoA) and Geranyl-CoA Carboxylases from Pseudomonas aeruginosa

2008 ◽  
Vol 190 (14) ◽  
pp. 4888-4893 ◽  
Author(s):  
J. A. Aguilar ◽  
C. Díaz-Pérez ◽  
A. L. Díaz-Pérez ◽  
J. S. Rodríguez-Zavala ◽  
B. J. Nikolau ◽  
...  

ABSTRACT Biotin-containing 3-methylcrotonyl coenzyme A (MC-CoA) carboxylase (MCCase) and geranyl-CoA (G-CoA) carboxylase (GCCase) from Pseudomonas aeruginosa were expressed as His-tagged recombinant proteins in Escherichia coli. Both native and recombinant MCCase and GCCase showed pH and temperature optima of 8.5 and 37°C. The apparent K 0.5 (affinity constant for non-Michaelis-Menten kinetics behavior) values of MCCase for MC-CoA, ATP, and bicarbonate were 9.8 μM, 13 μM, and 0.8 μM, respectively. MCCase activity showed sigmoidal kinetics for all the substrates and did not carboxylate G-CoA. In contrast, GCCase catalyzed the carboxylation of both G-CoA and MC-CoA. GCCase also showed sigmoidal kinetic behavior for G-CoA and bicarbonate but showed Michaelis-Menten kinetics for MC-CoA and the cosubstrate ATP. The apparent K 0.5 values of GCCase were 8.8 μM and 1.2 μM for G-CoA and bicarbonate, respectively, and the apparent Km values of GCCase were 10 μM for ATP and 14 μM for MC-CoA. The catalytic efficiencies of GCCase for G-CoA and MC-CoA were 56 and 22, respectively, indicating that G-CoA is preferred over MC-CoA as a substrate. The enzymatic properties of GCCase suggest that it may substitute for MCCase in leucine catabolism and that both the MCCase and GCCase enzymes play important roles in the leucine and acyclic terpene catabolic pathways.

2008 ◽  
Vol 190 (7) ◽  
pp. 2556-2564 ◽  
Author(s):  
Cory G. Toyota ◽  
Catrine L. Berthold ◽  
Arnaud Gruez ◽  
Stefán Jónsson ◽  
Ylva Lindqvist ◽  
...  

ABSTRACT The yfdXWUVE operon appears to encode proteins that enhance the ability of Escherichia coli MG1655 to survive under acidic conditions. Although the molecular mechanisms underlying this phenotypic behavior remain to be elucidated, findings from structural genomic studies have shown that the structure of YfdW, the protein encoded by the yfdW gene, is homologous to that of the enzyme that mediates oxalate catabolism in the obligate anaerobe Oxalobacter formigenes, O. formigenes formyl coenzyme A transferase (FRC). We now report the first detailed examination of the steady-state kinetic behavior and substrate specificity of recombinant, wild-type YfdW. Our studies confirm that YfdW is a formyl coenzyme A (formyl-CoA) transferase, and YfdW appears to be more stringent than the corresponding enzyme (FRC) in Oxalobacter in employing formyl-CoA and oxalate as substrates. We also report the effects of replacing Trp-48 in the FRC active site with the glutamine residue that occupies an equivalent position in the E. coli protein. The results of these experiments show that Trp-48 precludes oxalate binding to a site that mediates substrate inhibition for YfdW. In addition, the replacement of Trp-48 by Gln-48 yields an FRC variant for which oxalate-dependent substrate inhibition is modified to resemble that seen for YfdW. Our findings illustrate the utility of structural homology in assigning enzyme function and raise the question of whether oxalate catabolism takes place in E. coli upon the up-regulation of the yfdXWUVE operon under acidic conditions.


2019 ◽  
Vol 5 (3) ◽  
pp. 1-10
Author(s):  
Puspa Julistia Puspita ◽  
Mega Safithri ◽  
Nirmala Peni Sugiharti

Piper crocatum is one of medicinal herbal plants with a large number of benefits. Usually herbal plants have activity as antibacterial agent. Therefore, the objectives of this research were to obtain information on antibacterial activities of the leaf extracts of Piper crocatum againts four types of bacteria, in that Staphylococcus, Bacillus substilis, Escherichia coli, and Pseudomonas aeruginosa and then to analyze the phytochemistry of the leaf extracts of Piper crocatum. The leaves of Piper crocatum were extracted by maceration and reflux using ethanol 30%. The assays of the antibacterial activities and phytochemistry on the extracts were carried out using the method of Maria Bintang. Results showed that the yield of the extraction using ethanol by maceration method was 20.8%. Meanwhile, using the reflux method, the yield was obtained about 26.25%. The phytochemistry analysis showed that the leaf extracts of Piper crocatum contained alkaloid, steroid and tanin. According to this study, it was found that the leaf extract of Piper crocatum can be used to inhibit the growth of B. subtilis and P. aeuruginosa, but can not inhibit the growth of E.coli and S. aureus.


2017 ◽  
Vol 1 (2) ◽  
pp. 48-60
Author(s):  
A.G. Salmanov ◽  
A.V. Rudenko

Мета роботи — вивчити резистентність до антибіотиків бактеріальних збудників інфекцій сечових шляхів (ІСШ), виділених у пацієнтів урологічного стаціонару в м. Києві. Матеріали і методи. Досліджено 1612 штамів бактерій, виділених із сечі хворих з ІСШ (цистит, уретрит, пієлонефрит), госпіталізованих в урологічне відділення ДУ «Інститут урології НАМН України» у м. Києві протягом 2016 р. Серед пацієнтів переважали жінки — 1201 (74,5 %). Вік хворих становив від 17 до 74 років. Для збору даних використано медичну документацію лікарні. Мікробіологічні дослідження виконано у лабораторії мікробіології ДУ «Інститут урології НАМН України». Аналізували результати культурального дослідження зразків сечі, зібраних за наявності клінічних ознак ІСШ. Дослідження клінічного матеріалу та інтерпретацію отриманих результатів проводили загальноприйнятими методами. Вивчено чутливість уропатогенів до 31 антибіотика дискодифузійним методом відповідно до рекомендацій Інституту клінічних та лабораторних стандартів США (Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)). Результати та обговорення. Аналіз мікробного спектра сечі виявив домінування серед уропатогенів штамів Escherichia coli (32,0 %), Enterococcus faecalis (19,5 %), Klebsiella pneumoniae (10,9 %), Staphylococcus epidermidis (8,9 %), S. haemolyticus (6,5 %) та Pseudomonas aeruginosa (6,4 %). Частка Enterococcus faecium, Enterobacter aerogenes і Streptococcus viridans становила відповідно 2,5, 2,2 і 1,6 %, Enterobacter cloacae, Klebsiella oxytoca, Acinetobacter baumannii, Proteus vulgaris та Providencia rettgeri — менше 1,0 %. У більшості випадків (69,7 %) мікроорганізми виділено у монокультурі, у решті випадків — у мікробних асоціа- ціях. Високу резистентність до тестованих антибіотиків виявили штами E. aerogenes (45,1 %), E. cloacae (45,7 %), E. faecium (40,9 %), E. faecalis (40,7 %), E. coli (39,9 %), P. aeruginosa (34,0 %), K. pneumoniae (28,6 %). Найбільш активними до уропатогенів були іміпенем (E. coli — 87,6 %, P. aeruginosa — 75,7 %, E. cloacae — 67,3 %, E. aerogenes — 72,6 %, K. pneumoniae — 93,2 %), меропенем (E. coli — 89,1 %, P. aeruginosa — 76,7 %, K. pneumoniae — 82,6 %), лефлоцин (E. coli — 74,5 %, ентерококи — 78,7 %, P. aeruginosa — 76,7 %, E. cloacae — 73,9 %, E. aerogenes — 80,4 %, K. pneumoniae — 83,5 %), амоксицилін/клавуланат (ентерококи — 84,6 %), фурагін (ентерококи — 82,6 %), цефоперазон (K. pneumoniae — 89,2 %, P. aeruginosa — 73,8 %), цефтріаксон (K. pneumoniae — 80,1 %). Висновки. Антибіотикорезистентність збудників ІСШ — важлива терапевтична проблема. Найбільшою активністю до уропатогенів характеризуються іміпенем, меропенем, лефлоцин, амоксицилін/ клавуланат, фурагін, цефоперазон, цефтріаксон, які можна розглядати як препарат вибору для призначення стартової терапії ІСШ. Необхідно здійснювати постійний моніторинг за резистентністю до дії антибіотиків. Політику використання антибіотиків у кожному стаціонарі слід визначати залежно від локальних даних щодо резистентності до протимікробних препаратів.


2019 ◽  
Vol 17 (3) ◽  
pp. 140-148 ◽  
Author(s):  
A. Ouelhadj ◽  
L. Ait Salem ◽  
D. Djenane

Ce travail vise l’étude de l’activité antibactérienne de l’huile essentielle (HE) de Pelargoniumx asperum et de la bactériocine, la nisine seul et en combinaison vis-à-vis de six bactéries dont quatre sont multirésistantes d’origine clinique. L’activité antibactérienne in vitro a été évaluée par la méthode de diffusion sur gélose. La concentration minimale inhibitrice (CMI) est aussi déterminée pour HE. Les résultats ont révélé une activité antibactérienne significative exercée par HE visà-vis de Staphylococcus aureus (ATCC 43300), Staphylococcus aureus et Escherichia coli avec des diamètres d’inhibition de 36,00 ; 22,50 et 40,00 mm, respectivement. Cependant, l’HE de Pelargonium asperum a montré une activité antibactérienne supérieure par rapport à la nisine. Les valeurs des CMI rapportées dans cette étude sont comprises entre 1,98–3,96 μl/ml. Les combinaisons réalisées entre HE et la nisine ont montré un effet additif vis-à-vis de Escherichia coli (ATCC 25922) avec (50 % HE Pelargonium asperum + 50 % nisine). Par contre, nous avons enregistré une synergie vis-à-vis de Klebsiella pneumoniae avec (75 % HE Pelargonium asperum + 25 % nisine) et contre Pseudomonas aeruginosa avec les trois combinaisons testées. Les résultats obtenus permettent de dire que l’HE de Pelargonium asperum possède une activité antibactérienne ainsi que sa combinaison avec la nisine pourrait représenter une bonne alternative pour la lutte contre l’antibiorésistance.


2018 ◽  
Vol 16 (S1) ◽  
pp. S155-S163 ◽  
Author(s):  
S. Mehalaine ◽  
O. Belfadel ◽  
T. Menasria ◽  
A. Messaili

The present study was carried out to determine, for the first time, the chemical composition and antibacterial activity of essential oils derived from the aerial parts of three aromatic plants Thymus algeriensis Boiss & Reut, Rosmarinus officinalis L., and Salvia officinalis L. growing under semiarid conditions. The essential oils were chemically analyzed and identified by gas chromatography (GC) and GC/ mass spectrometry (GC/MS) and their antimicrobial activity was individually evaluated against Staphylococcus aureus, Escherichia coli, and Pseudomonas aeruginosa using both agar disk diffusion and agar dilution methods. The major constituents of Thymus algeriensis essential oil were identified as camphor (13.62%), 1,8-cineol (6.00%), borneol (5.74%), viridiflorol (4.00%), and linalool (3.93%). For Rosmarinus officinalis essential oil, 48 compounds were characterized, of which the main constituents were camphor (17.09%), Z-β-ocimene (10.88%), isoborneol (9.68%), α-bisabolol (7.89%), and borneol (5.11%). While, Salvia officinalis essential oil was characterized by β-thujone (16.44%), followed by viridiflorol (10.93%), camphor (8.99%), 1,8-cineol (8.11%), trans-caryophyllene (5.85%), and α-humulene (4.69%) as the major components. Notably, results from antibacterial screening indicated that Thymus algeriensis and Salvia officinalis essential oils exhibited a strong inhibitory effect against both Escherichia coli and Staphylococcus aureus compared to Rosmarinus officinalis essential oil. Further, less activity was recorded against Pseudomonas aeruginosa for the three tested essential oils.


1995 ◽  
Vol 31 (5-6) ◽  
pp. 75-79 ◽  
Author(s):  
M. Würzer ◽  
A. Wiedenmann ◽  
K. Botzenhart

In Germany the application of procedures such as flocculation and filtration in the preparation of drinking water results in the annual production of an estimated 500,000 t of sediments and sludges. Some of these residues have a potential for being reused, for example in agriculture, forestry, brickworks or waste water treatment. To assess the microbiological quality of residues from waterworks methods for the detection of enterobacteria, Escherichia coli, Salmonella, Pseudomonas aeruginosa, Legionella, poliovirus, Ascaris suis eggs and Cryptosporidium have been evaluated regarding their detection limits and were applied to various residues from German waterworks. Results show that sediments and sludges may contain pathogenic bacteria, viruses and protista. When residues from waterworks are intended to be reused in agriculture or forestry the microbiological quality should therefore be considered.


Bionatura ◽  
2020 ◽  
Vol 5 (4) ◽  
pp. 1335-1339
Author(s):  
Pool Marcos-Carbajal ◽  
Christian Allca-Muñoz ◽  
Ángel Urbano-Niño ◽  
Alberto Salazar-Granara

El objetivo del estudio es determinar la actividad antibacteriana de Metformina frente a Escherichia coli, Staphylococcus aureus y Pseudomonas aeruginosa. Se evaluó la actividad antibacteriana mediante la técnica de Kirby Bauer. Se utilizó cepas de Escherichia coli (ATCC 25922), Staphylococcus aureus (ATCC 25923) y Pseudomonas aeruginosa (ATCC 27853), las cuales se expusieron a Metformina en concentraciones de 250 mg y 500 mg, Ciprofloxacino (CIP) 5 µg, Imipenem (IPM) 10 µg, y Cefoxitin (FOX) 30 µg. Frente a Escherichia coli, Staphylococcus aureus y Pseudomonas aeruginosa se presentó un halo de inhibición de 6 mm. para Metformina 250 mg, 6 mm. para Metformina 500 mg, y un halo de inhibición >25 mm. con el uso de Ciprofloxacino 5 µg, Cefoxitin 30 µg, e Imipenem 10 µg respectivamente. En conclusion, In vitro Metformina a dosis de 250 y 500 mg, no presentó efecto antibacteriano frente a Escherichia coli, Staphylococcus aureus y Pseudomonas aeruginosa.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document