Karaginan merupakan senyawa hidrokoloid yang diekstraksi dari rumput laut merah jenis Kappaphycus alvarezii. Karaginan dapat digunakan untuk meningkatkan kestabilan bahan pangan baik yang berbentuk suspensi (dispersi padatan dalam cairan), emulsi (dispersi gas dalam cairan). Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui Kualitas ekstrak karaginan hasil ekstraksi rumput laut K. alvarezii dari dua lokasi sampling yang berbeda. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Agustus 2015 sampai bulan Januari 2016, di perairan Pantai Kartini, Jepara dan peraian Kemojan Karimunjawa, Jepara. Hasil penelitian menunjukkan analisis spektra FTIR produk telah memenuhi spesifikasi karaginan standar karena gugus-gugus fungsi yang terdapat pada spektrum sampel yang dihasilkan sama seperti gugus pada kappa karaginan yaitu gugus ester sulfat, OH, ikatan glikosidik. Hasil analisis sifat fisik-kimia karaginan (rendemen, kadar air, kadar abu, kadar sulfat, viskositas, dan kekuatan gel) yang paling baik yaitu karaginan dari perairan Kemojan Karimunjawa dibandingkan karaginan Pantai Kartini. Kadar sulfat Pantai Kartini dan Kemojan Karimunjawa masih dibawah kadar mutu yaitu 15-40 %, Sedangkan kekuatan gel kedua perairan yaitu Kemojan Karimunjawa 78,57 g.cm-2 dan Pantai kartini 61,86 g.cm-2 masih jauh di bawah baku mutu yaitu 685,50 g.cm2. Carrageenan is a hydrocolloid compounds extracted from red seaweed types Kappaphycus alvarezii. Carrageenan can be used to improve the stability of food in the form of suspension or emulsions. The purpose of this study was to determine the quality of the extract of carrageenan extracted from K. alvarezii at two different sampling locations. This research was conducted in August, 2015 and January, 2016. Samples of seaweed obtained from two different waters, namely Kartini Beach and Kemojan Karimunjawa Island, bolt at jepara regency. The results showed the FTIR spectra analysis of the product met the specifications for a standard carrageenan functional groups contained in the sample spectrum as expressed in clusters of kappa carrageenan namely sulphate ester group , OH , glycosidic bond. The results of analysis of the physical-chemical properties of carrageenan ( yield, moisture content , ash content , sulphate content , viscosity and gel strength ) the best quality of carragenan was obtained from carrageenophyte taken from Kemojan Karimunjawa Island, although sulphate content from two different waters was under quality level at 15 – 40%, while the gel strength kartini 61.86 g.cm-2 and Kemojan 78.57 g.cm-2 both were still far below the of carrageenophyte quality at 685.50 g.cm-2.