On the Statistical Testing Methods for Single Laboratory Validation of Qualitative Microbiological Assays with an Unpaired Design

2020 ◽  
Vol 103 (5) ◽  
pp. 1426-1434
Author(s):  
Shizhen S Wang
Keyword(s):  
Logistic Regression ◽  
Statistical Methods ◽  
T Test ◽  
Unequal Variance ◽  
Exact Test ◽  
Wilcoxon Rank Sum Test ◽  
Detectable Difference ◽  
Minimum Detectable Difference ◽  
Microbiological Assays ◽  
Single Laboratory

Abstract Background There exists several statistical methods for detecting a difference of detection rates between alternative and reference qualitative microbiological assays in a single laboratory validation study with an unpaired design. Objective We compared performance of eight methods including Fisher’s exact test, unequal variance two-sample t-test, Wilcoxon rank-sum test, z-test, and methods based on Wilson confidence intervals, complementary log-log regression, Firth’s logistic regression, and ordinary logistic regression. Method We first compared the minimum detectable difference in the proportion of detections between the alternative and reference methods among these statistical methods for a varied number of test portions. We then compared power and size of test of these methods using simulated data. Results Firth’s logistic regression and the unequal variance two-sample t-test had the lowest minimum detectable difference and highest power. None of these statistical methods had an estimated size of test always within a 95% confidence interval of the nominal value 0.05 with small numbers of test portions (n = 12, 20, 30). Fisher’s exact test, the Wilcoxon rank-sum test, and the z-test were conservative even with a moderately large number of test portions (n = 40), while Firth’s logistic regression and the unequal variance two-sample t-test had a size of test closer to 0.05 than other methods. Conclusions Firth's logistic regression and the unequal variance two-sample t-test are better choices than other competing methods. Highlights We recommend the unequal variance two-sample t-test over Firth’s logistic regression because the unequal variance two-sample t-test is better known and easier to use. We provide an example using real data.

scholarly journals On the Statistical Testing Methods for Single Laboratory Validation of Qualitative Microbiological Assays with a Paired Design

2020 ◽  
Vol 103 (6) ◽  
pp. 1667-1679
Author(s):  
Shizhen S Wang
Keyword(s):  
Average Power ◽  
Mixed Effects ◽  
Error Rates ◽  
T Test ◽  
Type 1 Error ◽  
Minimum Detectable Difference ◽  
Microbiological Assays ◽  
Paired Design ◽  
Paired T Test

Abstract Background There are several statistical methods for detecting a difference of detection rates between alternative and reference qualitative microbiological assays in a single laboratory validation study with a paired design. Objective We compared performance of eight methods including McNemar’s test, sign test, Wilcoxon signed-rank test, paired t-test, and the regression methods based on conditional logistic (CLOGIT), mixed effects complementary log-log (MCLOGLOG), mixed effects logistic (MLOGIT) models, and a linear mixed effects model (LMM). Methods We first compared the minimum detectable difference in the proportion of detections between the alternative and reference detection methods among these statistical methods for a varied number of test portions. We then compared power and type 1 error rates of these methods using simulated data. Results The MCLOGLOG and MLOGIT models had the lowest minimum detectable difference, followed by the LMM and paired t-test. The MCLOGLOG and MLOGIT models had the highest average power but were anticonservative when correlation between the pairs of outcome values of the alternative and reference methods was high. The LMM and paired t-test had mostly the highest average power when the correlation was low and the second highest average power when the correlation was high. Type 1 error rates of these last two methods approached the nominal value of significance level when the number of test portions was moderately large (n > 20). Highlights The LMM and paired t-test are better choices than other competing methods, and we provide an example using real data.

scholarly journals Ανοσολογική διερεύνηση των παιδιών με κοιλιοκάκη

2014 ◽  
Author(s):  
Μαρουδιά Κρίνη
Keyword(s):  
Logistic Regression ◽  
T Test ◽  
Odds Ratios ◽  
Chi Square ◽  
Exact Test ◽  
Fisher's Exact Test ◽  
Fisher’S Exact Test ◽  
Chi Square Test ◽  
Student’S T ◽  
Student’S T Test

Σκοπός της παρούσας διδακτορικής διατριβής ήταν να διερευνήσει την κατανομή των HLA-DRB1, DQA1 και DQB1 αλληλομόρφων γονιδίων, των απλοτύπων και γονοτύπων στον ελληνικό παιδιατρικό πληθυσμό με κοιλιοκάκη, σε σύγκριση με τους υγιείς μάρτυρες, και να αξιολογήσει την επίδραση των HLA τάξης ΙΙ γονιδίων στην επιδεκτικότητα της νόσου. Παράλληλα, αναζητήθηκαν συσχετίσεις του HLA-γενετικού υποστρώματος των ασθενών με τα κλινικά, επιδημιολογικά, ορολογικά και ιστολογικά χαρακτηριστικά της νόσου.Μελετήθηκαν 118 παιδιά με κοιλιοκάκη ελληνικής καταγωγής. Oι συμπτωματικοί ασθενείς ταξινομήθηκαν σε 3 ομάδες ως εξής: ομάδα Α = DQB1*02 ομοζυγώτες, ομάδα Β = DQB1*02 ετεροζυγώτες και ομάδα Γ = DQB1*02 αρνητικοί ασθενείς. Ως ομάδα ελέγχου, για τη σύγκριση των αποτελεσμάτων της HLA τυποποίησης των ασθενών, χρησίμευσε η HLA τυποποίηση 120 υγιών ατόμων, δοτών αίματος και μυελού των οστών, μη συγγενών μεταξύ τους, ελληνικής καταγωγής και εθνικότητας. Η γονιδιακή HLA τυποποίηση πραγματοποιήθηκε με τις μεθόδους PCR-SSP και PCR-SSO. Η στατιστική ανάλυση περιελάμβανε τα Pearson’s Chi-Square test, Fisher’s exact test, Student’s t-test, Mann-Whitney και Kruskal-Wallis test. Ο βαθμός τη σχέσης ελέγχθηκε με ακριβή λογιστική παλινδρόμηση (exact logistic regression) και παρουσιάστηκε ως λόγος σχετικών πιθανοτήτων (odds ratios, OR). Tα αποτελέσματα έδειξαν στατιστικά αυξημένη συχνότητα των HLA-DQB1*02:01, DQB1*02:02, DQA1*02:01, DQA1*05:01, DRB1*03 και DRB1*07 και στατιστικά μειωμένη συχνότητα των HLA-DQB1*03:01, DQB1*05:01, DQB1*05:02, DQA1*01:01, DQA1*01:02, DQA1*01:04, DQA1*05:05, DRB1*01 και DRB1*16 στους ασθενείς σε σύγκριση με τους υγιείς μάρτυρες. Σε επίπεδο απλοτύπων, ο κύριος συσχετιζόμενος με την κοιλιοκάκη απλότυπος ήταν ο DR3-DQ2 και ακολούθησε ο DR7-DQ2. Το 95,8% των ασθενών με κοιλιοκάκη εκφράζει το DQ2 ή/και το DQ8 μόριο. Μόνο ένας στους 118 ασθενείς, που αντιστοιχεί σε πιθανότητα 0,8%, δεν εκφράζει κανένα από τα συσχετιζόμενα με την κοιλιοκάκη αλλήλια και είναι DQ2/DQ8/DQA1*05/DQB1*02 - αρνητικός. Τα αποτελέσματα της μελέτης έδειξαν μια στατιστικά σημαντική διαφορά στον τίτλο των ΕΜΑ αντισωμάτων μεταξύ των ομάδων Α και Γ. Αναλυτικά, οι τίτλοι των ΕΜΑ αντισωμάτων είναι σημαντικά υψηλότεροι στους HLA-DQB1*02 ομοζυγώτες σε σχέση με τους HLA-DQB1*02 αρνητικούς ασθενείς, γεγονός που πιθανόν να αντανακλά μια HLA-DQB1*02 δοσοεξαρτώμενη επίδραση στον τίτλο των ΕΜΑ αντισωμάτων.Συμπερασματικά, η παρούσα διατριβή περιγράφει για πρώτη φορά στον ελληνικό παιδιατρικό πληθυσμό τη συχνότητα εμφάνισης των HLA τάξης ΙΙ αλληλομόρφων γονιδίων, απλοτύπων και γονοτύπων, και επιβεβαιώνει τη συμβολή των HLA τάξης ΙΙ γονιδίων στη γενετική προδιάθεση της νόσου. Επιπλέον, παρέχει στοιχεία που υποδηλώνουν μια πιθανή HLΑ-DQB1*02 δοσοεξαρτώμενη επίδραση στον τίτλο των ΕΜΑ αντισωμάτων.

scholarly journals Probabilistic modeling methods for cell-free DNA methylation based cancer classification

2021 ◽  
Author(s):  
Viivi Halla-aho ◽  
Harri Lähdesmäki
Keyword(s):  
Dna Methylation ◽  
Logistic Regression ◽  
Feature Selection ◽  
Statistical Methods ◽  
Probabilistic Modeling ◽  
Cancer Classification ◽  
Cell Free Dna ◽  
Exact Test ◽  
Free Dna ◽  
Fisher’S Exact Test

Background: cfMeDIP-seq is a low-cost method for determining the DNA methylation status of cell-free DNA and it has been successfully combined with statistical methods for accurate cancer diagnostics. We investigate the diagnostic classification aspect by applying statistical tests and dimension reduction techniques for feature selection and probabilistic modeling for the cancer type classification, and we also study the effect of sequencing depth. Methods: We experiment with a variety of statistical methods that use different feature selection and feature extraction methods as well as probabilistic classifiers for diagnostic decision making. We test the (moderated) t-tests and the Fisher's exact test for feature selection, principal component analysis (PCA) as well as iterative supervised PCA (ISPCA) for feature generation, and GLMnet and logistic regression methods with sparsity promoting priors for classification. Probabilistic programming language Stan is used to implement Bayesian inference for the probabilistic models. Results and conclusions: We compare overlaps of differentially methylated genomic regions as chosen by different feature selection methods, and evaluate probabilistic classifiers by evaluating the area under the receiver operating characteristic (AUROC) scores on discovery and validation cohorts. While we observe that many methods perform equally well as, and occasionally considerably better than, GLMnet that was originally proposed for cfMeDIP-seq based cancer classification, we also observed that performance of different methods vary across sequencing depths, cancer types and study cohorts. Overall, methods that seem robust and promising include Fisher's exact test and ISPCA for feature selection as well as a simple logistic regression model with the number of hyper and hypo-methylated regions as features.

scholarly journals Μελέτη των μεταβολών της έκφρασης γονιδίων που σχετίζονται με το μεταβολισμό και την δράση χημειοθεραπευτικών στον πρωτοπαθή όγκο και στους επιχώριους και μεσοθωρακικούς διηθημένους λεμφαδένες σε χειρουργήσιμο μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα (ΜΜΚΚΠ)

2018 ◽  
Author(s):  
Κωνσταντίνος Τρυφωνίδης
Keyword(s):  
Logistic Regression ◽  
Proportional Hazards ◽  
Correlation Coefficients ◽  
T Test ◽  
Spearman Correlation ◽  
Exact Test ◽  
Qrt Pcr ◽  
Kaplan Meier ◽  
Brca1 Brca2 ◽  
Piezo Electric

Το πρωτοπαθές καρκίνωμα του πνεύμονα αποτελεί τη συχνότερη αιτία θανάτου από νεοπλασία παγκοσμίως (1). Το μη-μικροκυτταρικό καρκίνωμα του πνεύμονα, (ΜΜΚΠ) αποτελεί το 85% των καρκινωμάτων του πνεύμονα, με κυριότερους ιστολογικούς υπότυπους το αδενοκαρκίνωμα (ADC, ~48%), το ακανθοκυτταρικό (SCC, ~28%) το μεγαλοκυτταρικό καρκίνωμα (LCC, ~24%), το μεικτό και τέλος, το αδιαφοροποίητο καρκίνωμα. Παρά τις προσπάθειες για πρώιμη διάγνωση η πλειονότητα των ασθενών με ΜΜΚΠ διαγιγνώσκεται σε προχωρημένο κλινικό στάδιο και έχει φτωχή πρόγνωση. Αν και γενικά συγκαταλέγεται στους συμπαγείς όγκους με μέτρια χημειοευαισθησία και πτωχή πρόγνωση, ο ΜΜΚΠ χαρακτηρίζεται από ετερογένεια στη βιολογική του συμπεριφορά. Δεδομένου ότι στα προχωρημένα στάδια της νόσου ο ρόλος της συστηματικής θεραπείας είναι μόνο ανακουφιστικός, τα επιδιωκόμενα οφέλη (παράταση της επιβίωσης, έλεγχος των συμπτωμάτων και βελτίωση της ποιότητας ζωής) πρέπει να εξισορροπούν την αναμενόμενη τοξικότητα.Αν και τα χημειοθεραπευτικά σχήματα με βάση την πλατίνα έχουν καθιερωθεί στη θεραπεία πρώτης γραμμής, οι μη-πλατινούχοι συνδυασμοί, όπως της γεμσιταβίνης (gemcitabine) με τις ταξάνες, αναγνωρίζονται ως εναλλακτική επιλογή με παρόμοια αποτελεσματικότητα και ευνοϊκότερο τοξικό προφίλ. Η ανταπόκριση του ΜΜΚΠ στα σχήματα αυτά φαίνεται να συσχετίζεται με την έκφραση συγκεκριμένων γονιδίων που εμπλέκονται στο μεταβολισμό ή/και στο μηχανισμό δράσης, σύμφωνα με τα δεδομένα προκλινικών αναδρομικών κλινικών μελετών αλλά και προοπτικών κλινικών δοκιμών. Είναι επομένως, επιτακτική η ανεύρεση αξιόπιστων προβλεπτικών και προγνωστικών μοριακών δεικτών που να επιτρέπουν την εξατομίκευση της θεραπείας στον ΜΜΚΠ, προς όφελος των ασθενών, με παράλληλη μείωση του οικονομικού κόστους. Ένα βασικό ερώτημα αποτελεί αν η γονιδιακή έκφραση μεταβάλλεται ανάλογα με το αν προέρχεται από τον πρωτοπαθή όγκο ή μια μεταστατική εστία. Το ερώτημα αυτό είναι δύσκολο να απαντηθεί αφού θα απαιτούσε τη διενέργεια βιοψιών σε ασθενείς με μεταστατική νόσο χωρίς αναμενόμενο όφελος για αυτούς. Εναλλακτικά μπορεί να απαντηθεί συγκρίνοντας την γονιδιακή έκφραση μεταξύ του πρωτοπαθούς όγκου και των επιχώριων ή μεσοθωρακικών λεμφαδένων κατά το χειρουργείο εκτομής του όγκου που εμφανίζουν διήθηση.Σκοπός της μελέτης:Ν’ αναζητήσει μεταβολές της έκφραση, στον πρωτοπαθή όγκο ασθενών και τους επιχώριους και μεσοθωρακικούς λεμφαδένες, γονιδίων που εμπλέκονται στο μεταβολισμό ή/και τη δράση χημειοθεραπευτικών που χορηγούνται στο ΜΜΚΠ και να μελετήσει την προγνωστική και προβλεπτική αξία της γονιδιακής έκφρασης στον πρωτοπαθή όγκο και τους διηθημένους λεμφαδένες (επίδραση στην επιβίωση και το διάστημα ελεύθερο νόσου)Υλικό και μέθοδοι μελέτης:Η μελέτη διεξήχθη στο Εργαστήριο Βιολογίας του Καρκίνου του Ιατρικού τμήματος του Πανεπιστημίου Κρήτης σε αρχειακό υλικό που έχει ήδη αρχειοθετηθεί στο Παθολογοανατομικό Εργαστήριο του ΠΑ.Γ.Ν.Η., και σε συνδυασμό με τα κλινικά δεδομένα της Παθολογικής Ογκολογικής Κλινικής (Π.ΟΓΚ.) του Νοσοκομείου. Η έρευνα διενεργήθηκε σε κύβους παραφίνης ασθενών που έχουν υποβληθεί σε θεραπευτική χειρουργική επέμβαση για ΜΜΚΠ σταδίων Ι-ΙΙΙΑ με την μέθοδο της qRT-PCR για την ανάλυση της έκφρασης των γονιδίων που εμπλέκονται με αντίσταση στις κύριες κατηγορίες χημειοθεραπευτικών: a.Ταξάνες: TS, TXR1, TSP1, BRCA1 b.Ανάλογα της Πλατίνας: ERCC1, BRCA1, BRCA2, RAP80, PKM2, c. Gemcitabine: RRM1, RRM2Η ανάλυση έγινε σε καρκινικά κύτταρα μετά την απομόνωση τους από την ιστό με τη χρήση piezo-electric microdissector (Eppendorf). Η ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης έγινε με τη μέθοδο της ΔΔCT, με τη χρήση ρυθμιστών εμπορικού RNA (από πνεύμονα και ήπαρ) καθώς και RNA κυτταρικής σειράς εμποτισμένης με φορμόλη και εγκλωβισμένη σε παραφίνη, και την έκφραση των γονιδίων β-ACTIN και PGK σαν εσωτερικό πρότυπο.Στατιστική ανάλυση:Ο υπολογισμός της έκφρασης των υπό μελέτη γονιδίων έγινε με βάση τη μέση τιμή .Fisher’s exact test χρησιμοποιήθηκε για τη μελέτη συγκρίσεων σε πίνακες 2 επί 2 ενώ το χ2 test για μελέτη συγκρίσεων σε πίνακες μεγαλύτερους από 2 επί 2. Η συσχέτιση της συν-έκφρασης των διαφόρων γονιδίων έγινε με βάση το Spearman correlation coefficients test. Mann-Whitney t-test για τη μελέτη συσχέτισης μεταξύ συνεχών μεταβλητών (π.χ. γονιδιακή έκφραση) και κατηγορικών μεταβλητών (π.χ. φύλλο, αρχικό στάδιο διάγνωσης). Logistic regression ανάλυση έγινε για την ανάδειξη στατιστικώς σημαντικών παραγόντων στην μονοπαραγοντική ανάλυση. Πολυπαραγοντική ανάλυση με Cox’s proportional hazards πραγματοποιήθηκε για την ανάδειξη της σημαντικότητας των στατιστικώς σημαντικών παραγόντων στη μονοπαραγοντική ανάλυση σε σχέση με την ανταπόκριση, το διάστημα έως την υποτροπή και την ολική επιβίωση. Το διάστημα ελεύθερο νόσου (έως την υποτροπή) και η συνολική επιβίωση των ασθενών εκτιμήθηκε με τη μέθοδο Kaplan-Meier. Για όλα τα test το επίπεδο σημαντικότητας ορίζεται για p=0.05.Αποτελέσματα:Δείγματα όγκου και κλινικά δεδομένα από 239 ασθενείς με διαγνωσθέντα ΜΜΚΠ κατά τη διάρκεια των τελευταίων 20 ετών αναλύθηκαν (183 δείγματα πρωτοπαθούς όγκου καθώς και αντίστοιχα δείγματα διηθημένων λεμφαδένων αντιπροσωπεύοντας την πειραματική ομάδα και επιπροσθέτως 56 δείγματα πρωτοπαθούς όγκου χωρίς λεμφαδενική διήθηση αντιπροσωπεύοντας την ομάδα ελέγχου, αντίστοιχα).Η μέση ηλικία των ασθενών ήταν 64 ετών και η μέσος χρόνος παρακολούθησης ήταν τα 8 έτη. Η υψηλή έκφραση BRCA1 στον πρωτοπαθή όγκο σε ασθενείς με πλακώδες καρκίνωμα και η χαμηλή έκφραση TXR1 επίσης στον πρωτοπαθή όγκο σε ασθενείς με μη-πλακώδες καρκίνωμα συσχετίστηκε με αυξημένη ολική επιβίωση (OS) (p = 0,036 & p = 0,04, αντίστοιχα). Η υψηλή έκφραση TSP1 στον πρωτοπαθή όγκο ήταν ο μόνος ανεξάρτητος προγνωστικός παράγοντας για την ολική επιβίωση αλλά και για το διάστημα ελεύθερο της νόσου (OS / RFS) (p = 0,023 / p = 0,007 αντίστοιχα). Παρατηρήθηκε μη γραμμική συσχέτιση μεταξύ της έκφρασης κάθε γονιδίου στον πρωτοπαθή όγκο και στους τοπικοπεριοχικούς λεμφαδένες. Η χαμηλή έκφραση του PKM2 τόσο σε πρωτοπαθή όγκο όσο και σε τοπικοπεριοχικούς λεμφαδένες συσχετίστηκε με αυξημένη επιβίωση ανεξάρτητα από την υποκείμενη ιστολογία (p = 0,031). Διαφορετική έκφραση του RRM1 σε πρωτοπαθή όγκο και τους τοπικοπεριοχικούς λεμφαδένες συσχετίστηκαν με μειωμένη επιβίωση σε πλακώδεις όγκους (p = 0,019) σε σύγκριση με ασθενείς με χαμηλή έκφραση σε πρωτοπαθή όγκο και σε τοπικοπεριοχικούς λεμφαδένες. Η υψηλή έκφραση του TXR1 τόσο σε πρωτοπαθή όγκο όσο και στους λεμφαδένες σχετίζονται με αυξημένη επιβίωση (p = 0.007) αλλά και παρατεταμένο διάστημα ελεύθερο της νόσου (p = 0.004) σε πλακώδη ιστολογία του όγκου.Συμπέρασμα:Η πολυμορφία στις γονιδιακές εκφράσεις μεταξύ πρωτοπαθούς όγκου και διηθημένων τοπικοπεριοχικών λεμφαδένων μπορεί να επηρεάσει την έκβαση και επιβίωση των ασθενών με χειρουργήσιμο ΜΜΚΠ. Η βιολογία του πρωτοπαθούς όγκου κατά συνέπεια δεν θα πρέπει να θεωρείται ως ο μόνος καθοριστικός προγνωστικός παράγοντας για την έκβαση της νόσου.

scholarly journals The yield of colorectal cancer among fast track patients with normocytic and microcytic anaemia

2014 ◽  
Vol 96 (4) ◽  
pp. 289-293 ◽  
Author(s):  
IG Panagiotopoulou ◽  
D Fitzrol ◽  
RA Parker ◽  
J Kuzhively ◽  
N Luscombe ◽  
...  
Keyword(s):  
Colorectal Cancer ◽  
Logistic Regression ◽  
Odds Ratio ◽  
Fast Track ◽  
Microcytic Anaemia ◽  
Exact Test ◽  
Fisher's Exact Test ◽  
Significant Difference ◽  
Fisher’S Exact Test ◽  
Normocytic Anaemia

Introduction We receive fast track referrals on the basis of iron deficiency anaemia (IDA) for patients with normocytic anaemia or for patients with no iron studies. This study examined the yield of colorectal cancer (CRC) among fast track patients to ascertain whether awaiting confirmation of IDA is necessary prior to performing bowel investigations. Methods A review was undertaken of 321 and 930 consecutive fast track referrals from Centre A and Centre B respectively. Contingency tables were analysed using Fisher’s exact test. Logistic regression analyses were performed to investigate significant predictors of CRC. Results Overall, 229 patients were included from Centre A and 689 from Centre B. The odds ratio for microcytic anaemia versus normocytic anaemia in the outcome of CRC was 1.3 (95% confidence interval [CI]: 0.5–3.9) for Centre A and 1.6 (95% CI: 0.8–3.3) for Centre B. In a logistic regression analysis (Centre B only), no significant difference in CRC rates was seen between microcytic and normocytic anaemia (adjusted odds ratio: 1.9, 95% CI: 0.9–3.9). There was no statistically significant difference in the yield of CRC between microcytic and normocytic anaemia (p=0.515, Fisher’s exact test) in patients with anaemia only and no colorectal symptoms. Finally, CRC cases were seen in both microcytic and normocytic groups with or without low ferritin. Conclusions There is no significant difference in the yield of CRC between fast track patients with microcytic and normocytic anaemia. This study provides insufficient evidence to support awaiting confirmation of IDA in fast track patients with normocytic anaemia prior to requesting bowel investigations.

scholarly journals Intravesical prostaglandin e2 effectiveness in the prevention of urinary retention after transvaginal reconstruction of the pubo-cervical fascia and short arm sling according to Lahodny: a prospective randomized clinical trial

2010 ◽  
Vol 14 (1) ◽  
pp. 15 ◽  
Author(s):  
G. QUADRI ◽  
N. NATALE ◽  
C. SPREAFICO ◽  
C. BELLONI ◽  
D. BARISANI ◽  
...  
Keyword(s):  
Prostaglandin E2 ◽  
Urinary Retention ◽  
Study Groups ◽  
T Test ◽  
Control Group ◽  
Fisher Exact Test ◽  
Test Results ◽  
Exact Test ◽  
Student’S T ◽  
Student’S T Test

Intravesical prostaglandin E2 is effective in the recovery of spontaneous voiding after transvaginal reconstruction of the pubocervical fascia and short arm sling according to Lahodny. The aim of the study was to compare the effects of intravesical prostaglandin E2 in the prevention of urinary retention after transvaginal reconstruction of the pubocervical fascia and short arm sling according to Lahodny. STUDY DESIGN: From November 1996 to June 1999 fifty women underwent the Lahodny procedure for moderate/severe cystocele and stress urinary incontinence. Women were randomly assigned to 1 of the 2 study groups: intravesical prostaglandin E2 versus controls. Data obtained were analyzed with the Student t test and the Fisher exact test. RESULTS: Two patients of the treatment group had to be excluded from the study, one because of the wrong measurement of the post-voidal residual volume and another due to a fastidious burning sensation which appeared immediately after prostaglandin instillation and required the suspension of the treatment. No other side effects such as nausea, vomiting, diarrhea or hyperthermia were observed. Patients who underwent the prostaglandin E2 treatment showed a recovery of spontaneous voiding after 7.9±6.7 days, whereas this interval was significantly longer in the control group, being 12.9±9.7 days (p=0.04, Two tailed Unpaired Student's T test). CONCLUSION: The effectiveness and the low associated morbidity mark the treatment with intravesical prostaglandin E2 useful in the recovery of normal voiding after transvaginal pubocervical fascia reconstruction and short arm sling with the procedure according to Lahodny.

scholarly journals THE DETERMINANTS OF HEDGING AND FIRM VALUE: An Empirical Study in Mining Companies Listed on Indonesia Stock Exchange

2018 ◽  
pp. 104
Author(s):  
Garnis Irawanti
Keyword(s):  
Logistic Regression ◽  
Empirical Study ◽  
Financial Distress ◽  
Firm Value ◽  
Stock Exchange ◽  
T Test ◽  
Corporate Hedging ◽  
Determinant Factors ◽  
Mining Companies ◽  
Derivative Instruments

<p class="Keywords">This study aims to determine the determinant factors in the company's hedging decisions and to determine whether the activities of corporate hedging decisions through derivative instruments provide increased value for the company. The sample consisted of 33 mining companies listed on Indonesia Stock Exchange during 2011-2015 period. The method used in this study is logistic regression and independent sample t-test. The result of logistic regression by using variable of financial distress, underinvestment cost, and size showed a positive correlation to corporate hedging decision. Meanwhile, by using an independent sample t-test found that the company's hedging decisions significantly affect the value of firms and the companies with hedging decision activity through derivative instruments have more superior value than companies by using natural hedging decisions.</p><p> </p>

scholarly journals Comparison of statistical methods for analysis of small sample sizes for detecting the differences in efficacy between treatments for knee osteoarthritis

2020 ◽  
Author(s):  
Chia-Lung Shih ◽  
Te-Yu Hung
Keyword(s):  
Knee Osteoarthritis ◽  
Sample Size ◽  
Statistical Methods ◽  
Statistical Power ◽  
Permutation Test ◽  
Small Sample Size ◽  
Small Sample ◽  
T Test ◽  
Sample Sizes ◽  
Knee Oa

Abstract Background A small sample size (n < 30 for each treatment group) is usually enrolled to investigate the differences in efficacy between treatments for knee osteoarthritis (OA). The objective of this study was to use simulation for comparing the power of four statistical methods for analysis of small sample size for detecting the differences in efficacy between two treatments for knee OA. Methods A total of 10,000 replicates of 5 sample sizes (n=10, 15, 20, 25, and 30 for each group) were generated based on the previous reported measures of treatment efficacy. Four statistical methods were used to compare the differences in efficacy between treatments, including the two-sample t-test (t-test), the Mann-Whitney U-test (M-W test), the Kolmogorov-Smirnov test (K-S test), and the permutation test (perm-test). Results The bias of simulated parameter means showed a decreased trend with sample size but the CV% of simulated parameter means varied with sample sizes for all parameters. For the largest sample size (n=30), the CV% could achieve a small level (<20%) for almost all parameters but the bias could not. Among the non-parametric tests for analysis of small sample size, the perm-test had the highest statistical power, and its false positive rate was not affected by sample size. However, the power of the perm-test could not achieve a high value (80%) even using the largest sample size (n=30). Conclusion The perm-test is suggested for analysis of small sample size to compare the differences in efficacy between two treatments for knee OA.

An Optimised Data Analysis for the Balb/c3T3 Cell Transformation Assay and its Application to Metal Compounds

2007 ◽  
Vol 20 (4) ◽  
pp. 673-684 ◽  
Author(s):  
J. Ponti ◽  
B. Munaro ◽  
M. Fischbach ◽  
S. Hoffmann ◽  
E. Sabbioni
Keyword(s):  
Data Analysis ◽  
Cell Transformation ◽  
T Test ◽  
Alternative Methods ◽  
Metal Compounds ◽  
Exact Test ◽  
Fisher's Exact Test ◽  
Transformation Assay ◽  
Carcinogenic Potential ◽  
Fisher’S Exact Test

The Balb/c3T3 cell transformation assay (CTA) is an available in vitro system to detect the carcinogenic potential of chemicals. Currently, the European Centre for the Validation of Alternative Methods (ECVAM) is validating this test, assessing its reliability and relevance. Its endpoint is the formation of type III foci, which is, when using clone A31-1-1, a very rare event that usually does not occur at all for negative controls. The carcinogenic potential of a compound tested is assessed by comparing the number of foci in treated and untreated cells. The objective of the present work is to optimise the data analysis for this endpoint by applying the most commonly used approach by a t-test and the Fisher's exact test as an alternative approach. For this purpose selected metal compounds classified as carcinogenic (NaAsO2, CdCl2 cisPt), as suspected carcinogenic (C6H5)4AsCl, CH3HgCl), or as compounds without evidence of carcinogenic properties in humans ((NH4)2PtCl6, NaVO3) as well as a non-carcinogenic (AgNO3) were analysed. Our evaluation revealed that the t-test approach, which assumes normality of data, is not appropriate. The results demonstrated that the statistical analysis by Fisher's exact test better reflects the data properties and greatly facilitates the interpretation of Balb/c3T3 CTA data regarding carcinogenic potential.

SELF-REPAIR IN ABORTED UTTERANCES: A MULTIMODAL ANALYSIS OF SIMULTANEOUS INTERPRETING

2021 ◽  
pp. 59-66
Author(s):  
A.V. Leonteva ◽  
◽  
O.V. Agafonova ◽  
A.A. Petrov ◽  
◽  
...  
Keyword(s):  
Empirical Research ◽  
Statistical Methods ◽  
Strong Correlation ◽  
Popular Science ◽  
T Test ◽  
Lexical Unit ◽  
Simultaneous Interpreting ◽  
Multimodal Analysis ◽  
Functional Types ◽  
Self Repair

The article presents the results of an empirical research dedicated to the co-occurrence of gestures and self-repairs in simultaneous interpreting. Self-repairs, viewed as a type of disfluencies, are divided into three categories: 1) a disfluency followed by a resolution (“positive” self-repair), 2) a disfluency consisting of repetition of the same lexical unit (“zero” self-repair); 3) an utterance truncated without a restart, which means that such a disfluency is not resolved. The study is based on the assumption that in simultaneous interpreting statistically significant correlation will be observed between various types of self-repair and various types of gestures, such as pragmatic, representational, deictic gestures and adapters. The data was obtained from 18 interpreters who were asked to interpret a popular science lecture from Russian into English. The material was analysed in ELAN and JAMOVI, and quantitative and statistical methods (T-test and ANOVA) were used to check on the hypotheses. The study revealed a strong correlation between self-repairs and gesture usage, which suggests that in moments of disfluency gestures facilitate speech. Concerning the relation between various types of self-repair and functional types of gestures, the hypothesis was not confirmed, although the statistics points to the fact that the simultaneous interpreters tend to use particular types of gestures with certain self-repairs.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document